Suomen Akatemian historia 1-3 kuvaa Suomen Akatemian vaikutusta suomalaisen tieteen ja tutkimuksen kehitykseen ja kansainvälistymiseen. Tutkimuksen piiriin kuuluvat niin 1948-69 toiminut vanha Suomen Akatemia kuin 1950 sen rinnalle perustettu tieteellisten toimikuntien järjestelmä. Toimikuntien lukumäärää nostettiin 1961 kahdesta kuuteen ja niiden alaisuuteen perustettiin tutkijoiden toimia. Toimet merkitsivät tutkijan ammattiuran ja tutkijain ammattikunnan syntymistä. Akatemian ja tieteellisten toimikuntien taival limittäytyi osaksi Suomen yleistä poliittista ja tiedepoliittista kehitystä. Urho Kekkonen oli suhtautunut kielteisesti Akatemiaan sen perustamisesta alkaen, kun hän koki eräät akateemikot, erityisesti kemian nobelisti A. I. Virtasen, vastustajikseen. Uusimuotoinen Suomen Akatemia perustettiin Kekkosen manipuloimana silmänkääntötemppuna 1969, jolloin vanha Suomen Akatemia lakkautettiin ja sen nimi siirrettiin tieteellisten toimikuntien järjestelmälle. Uusi toimikuntiin perustuva Suomen Akatemia joutui vahvasti politisoituneella 1970-luvulla kiivaan tiedepoliittisen keskustelun kohteeksi. Tilanne rauhoittui vähitellen 1980-luvulla, jolloin ryhdyttiin voimakkaasti kehittämään uusia rahoitusratkaisuja. 1990-luvulla Akatemian hallintoa kehitettiin ja tehostettiin samaan aikaan, kun tutkimusrahoitus kasvoi merkittävästi. Tutkijankoulutusta uudistettiin, perustettiin tieteen huippuyksiköt ja kansainvälistä yhteistyötä syvennettiin.