Ninjapartio lähetetään tutkimaan metsään syöksynyttä valopalloa. Puista löytyy valtavien kynsien jättämiä raapimisjälkiä. Kun tuntematon uhka paljastaa korttinsa, mestarisotureiden tuho vaikuttaa varmalta. Kovaotteinen sankarininja Yamata (Masanori Mimoto) apujoukkoineen päättää kuitenkin näyttää avaruuden muukalaisille, kenelle valta kuluu.

Japanin historian verisimpiin lukeutuvalle Sengoku-kaudelle sijoittuva Alien vs. Ninja tarjoilee runsaskätisesti juuri sitä, mitä nimi lupaa. Tymäkkä ja tyylikkäästi koreografioitu ninja-toiminta risteytyy huikeaan scifi-hirviötaisteluun, johon on napattu parhaat puolet Alienista sekä modernin scifi-toiminnan klassikoista Predator ja The Hiddden.